皖南医学院中心实验室位于滨江校区逸夫科技楼，是学校的综合性科研机构，是为教师科学研究和研究生教育服务的科研平台及大型仪器平台。中心始建于2006年，中心的建设目标按照“集中投入、统一管理、开放公用、资源共享”的原则，通过持续建设，逐步建立起条件优良、功能配套、管理规范的优质资源公用系统和共享机制，为培养创新人才和开展高水平科学研究工作提供支撑和保障。

中心实验室拥有多台进口大、中型精密仪器和国产分析仪器，基础配套设施齐全，有良好的工作条件。其中，分子生物学实验室包括细胞培养室、核酸蛋白提取室、PCR室、电泳室、流式细胞室等，拥有流式细胞仪、激光共聚焦显微镜、全自动激光显微切割仪、蛋白纯化系统、倒置荧光显微镜、实时荧光定量PCR仪等仪器；物质提取分离实验室：包括物质提取、分离和纯化的标准实验室和相关分离设备室，拥有二氧化碳超临界萃取仪、冷冻离心浓缩干燥系统、旋转蒸发仪、超声波清洗仪、酸度计、水浴锅、隔水式恒温培养箱等仪器；测试室：包括色谱室和光谱室，拥有制备型高效液相色谱仪、液质联用仪、气质联用仪、全波长荧光酶标仪、全波长酶标仪、紫外可见分光光度计、可见分光光度计、核酸蛋白检测仪、荧光分光光度计等仪器；中试室：拥有提取浓缩喷雾干燥系统。